A Regionális Egyetemi Hálózat – Európai Egyetem (RUN-EU) célja a régiók és érintett szereplők fenntartható gazdasági, társadalmi, kulturális és környezeti fejlődésének támogatása. A szövetség ennek megvalósítását a jövőbeli kihívásokhoz szükséges készségek fejlesztésével, a társadalmi változásokban való aktív részvétel elősegítésével és az aktív állampolgárság támogatásával biztosítja. Végső célja egy új, többnemzetiségű, interregionális együttműködés kialakítása, az Európai Interregionális Fejlesztési Zóna (EZ-ID) létrehozása. 
A küldetés az alábbi fő tevékenységeken keresztül valósul meg:
- Jövő- és Haladó Készségek Akadémiáinak létrehozása: közös, hallgatóközpontú, kihívás- és munkalapú tanulási programok fejlesztése (pl. rövid képzések, közös európai diplomák) innovatív, interegyetemi és interregionális módszertan alkalmazásával.
- Európai Innovációs Központok létrehozása: közös interregionális kutatási és innovációs projektek, valamint regionális szereplők bevonásával megvalósuló együttműködések ösztönzése.
- Európai Mobilitási Innovációs Központ működtetése: új fizikai és virtuális mobilitási formák kidolgozása és kipróbálása, valamint ezek minőségének értékelése.